新冠肺炎疫情发生后，审计署组织全国2万多人迅速开展专项审计。审计中，聚焦财政资金拨付和政策落实，聚焦社会捐赠款物分配使用和高效透明，聚焦疫情防控专项贷款精准发放和物资保障，及时反映疫情防控资金、物资分配管理情况，及时指出问题，及时督促整改，推动有关方面加快分配下拨资金和物资，严肃查处套骗资金、倒卖侵占物资等问题，建立健全相关制度，在疫情防控中较好地发挥了监督保障作用。
审计署表示，这是一次重大突发公共卫生事件的特殊审计，防疫要求严、区域不平衡、工作时效性强、社会关注度高。针对疫情防控中的短板和弱项，提出了加强公共卫生领域基础建设、健全公共卫生应急管理体系等审计建议，促进提高应急管理能力。
